Засновано монастир 1616 року, коли православним єпископом Львівським і Кам’янецьким був Єремія Писаревський. І на відміну від інших, що засновували князі у містах чи селах на видних місцях, Бершадський монастир заснували бідні православні іноки, які рятувалися від татарських і турецьких набігів, від переслідування поляків і уніатів. Ці люди знайшли дрімучий ліс далеко від великих поселень, влаштували тут сяке-таке житло і почали споруджувати храм.
Для Поділля то був тяжкий час. Вплив православних литовських князів ослаб, натомість посилився вплив польського католицизму. Через це православна віра принижувалася, православні монастирі або погрозами, або силоміць втягували в унію. Що ж залишалося тим інокам, які не хотіли зраджувати православ’я, як не шукати сховищ, де вони облаштовувалися спочатку таємно, а потім й офіційно з відома й благословення своїх предстоятелів.
Свого часу в монастирському архіві зберігався записаний переказ, згідно з яким Бершадський монастир заснували пустельники з Молдавії, яких теж пригноблювали турки. Ці пустельники, мовляв, були константинопольськими ченцями, які втекли з батьківщини після розгрому Візантійської імперії. Вони вирушили до річки Кодими, де раніше був турецький кордон, шукаючи зручного місця для проживання. Саме тут вони й оселилися поміж великих та дрімучих лісів неподалік річки Дохни. Тут і побудували перший дерев’яний просторий храм, покритий очеретом. Престол влаштували на дубовому пні, який зберігався у Преображенській церкві і пізніше тільки був обкладений дубовими дошками.
За легендою, інокам на дубі явилася чудотворна ікона Божої матері, з чого вони зробили висновок, що Господь і Пресвята Богородиця благословляють їхнє починання. Тому це дерево спиляли і над пнем спорудили храм.
Поляки та уніати розоряли монастир за його відданість православ’ю. Під час руйнування монастирське майно забирали не до інших монастирів, а до місцевих поміщицький економій. Так, поміщик Сабанський присвоїв собі млин із землею і рибною ловлею. А бершадський граф Машинський зайняв усі землі навколо монастиря.
Незважаючи на гніт і велику бідність, Бершадська обитель була єдиним православним монастирем у всій Подолії, в якому унія не змогла звити своє гніздо.
Головною і єдиною підтримкою обителі були навколишні православні жителі, які давали скромні кошти на утримання монастиря.
Остаточно обитель відбудовано у 1796 році під керівництвом ієромонаха Терентія. Було відновлено стару дерев’яну літню з кам’яною ризницею, Преобрежанську церкву. Влаштовано 15 келій, трапезну і монастир обгородили, побудували також інші господарські споруди. Заклали і побудували теплу церкву в ім’я св.Онуфрія. У кінці XVIII cтоліття тут було 11 ченців, з них найбільш здібних взяли у відібраний в уніатів Шаргородський монастир.
Після приєднання краю до Росії виявилося, що Бершадський монастир був єдиним православним на всій правобережній Україні.
