Цибуля найкраще зберігається у погребі, у підвішених в'язанках або вузьких марлевих мішечках.
Продовольча цибуля-ріпка найкраще зберігається при температурі нижче 1-3°, цибуля-саджанка, з якої наступного року вирощувати продовольчу, – також (тоді вона не дає стрілок).
Можна зберігати саджанку й у теплі, при температурі +18-20°. Цибулю, призначену для вирощування насіння, тримають при температурі +5-6° – при вищій у ній розвиваються хвороби.
Відносну вологість повітря при зберіганні цибулі будь-якого призначення необхідно підтримувати на рівні 70-80%. Якщо вологість підвищена, цибуля почне проростати. Крім того, у вологому повітрі відбувається відволожування верхньої луски цибулин, зволожується шийка і, як наслідок, цибуля псується.
Особливо важливо підтримувати низьку вологість повітря при зберіганні не повністю достиглої цибулі, адже вона менш стійка до шийкової гнилі.
Звичайно, зберігаючи будь-яку продукцію, її необхідно періодично оглядати. Те, що захворіло і починає псуватися, слід негайно видаляти.